این معاونت متشکل از پنج حوزه مدیریتی شامل مدیریت بیمارستانی، مدیریت نظارت و اعتباربخشی، مدیریت پرستاری، مدیریت اقتصاد درمان (مدیریت امور بیمه، تعرفه و استانداردهای بخش درمان) و مدیریت حوادث و فوریت‌‌های پزشکی هم چنین واحدهای اداری و مالی می‌باشد.

 نیروی انسانی شاغل در این معاونت شامل ۲ پزشک متخصص، ۵ پزشک عمومی، ۱ دکتری مدیریت خدمات بهداشتی درمانی، ۲۶ پرستار، ۱۷ ماما، ۵ کارشناس تجهیزات­پزشکی، ۱۱ نفر کارشناس علوم آزمایشگاهی، ۴ نفر کارشناس پرتو، ۱۸ نفر کارشناس رسته اداری و مالی، ۱۵ نفر کارشناس تعالی و امور اجرایی بیمارستان­ ها و ۷ نفر کارشناس فناوری اطلاعات هستند که در مجموع ۱۰۵ نفر در حال حاضر در این معاونت فعالیت می­نمایند.